在Ubuntu16.04中安装R和WRF-Hydro可视化工具箱rwrfhydro时可能遇到的问题汇总一

前言

基于WRF-Hydro包计算河道流量，整理好所需要的准备配置文件（hydro.namelist和namelist.hrldas）和数据后，需要使用命令mpirun -np 8 ./wrf_hydro.exe运行计算最终结果，结果变量详细介绍可查看WRF-Hydro v5.2 Output Variable Matrix，对于输出结果可视化可使用 rwrfhydro 工具，该工具是基于R语言进行编写，如果使用需要在ubuntu中配置R环境，这里将在配置R环境以及安装rwrfhydro工具时可能会出现的一些问题进行简单的汇总。

安装R包devtools出现错误，无法安装ragg,profvis,textshaping包

将这些R包分开进行安装，将缺失的依赖一一找到并进行安装。

install.packages("ragg")
install.packages("profvis")
install.packages("textshaping")

可能遇到的详细安装报错信息查看下文。

安装rwrfhydro包提示GDAL版本低于2.0.1，需要更新

参考博客Ubuntu 安装 GDAL 2.1进行更新，具体操作如下。

sudo add-apt-repository -y ppa:ubuntugis/ppa
sudo apt update
sudo apt upgrade

apt install gdal-bin libgdal-dev

安装完成后，使用gdalinfo --version查看版本。

安装R包raster报错C++17

参考博客安装R包报错C++17进行修改，具体操作如下。

这个是GCC版本问题;设置一下用新版本就行了。

mkdir -p ~/.R
echo 'CXX17 = g++ -std=c++17 -fPIC' > ~/.R/Makevars

安装R包ragg配置错误

报错:1:22: fatal error: ft2build.h: 没有那个文件或目录

解决方法：安装该R包所需要的相关依赖和库，可通过查看报错信息找到必须的库进行安装。我的系统为Ubuntu系统，因此选择安装deb包进行安装。

sudo apt libfreetype6-dev libpng-dev libtiffs-dev libjpeg-dev

安装R包ggmap报错dependency png’ isnot available for package ‘ggmap’

该错误信息说明缺少系统软件包libpng，或需要升级。

解决方法

sudo apt-get update
sudo apt-get install libpng-dev

安装R包ggmap提示libpng16.so.16：无法打开共享对象文件: 没有那个文件或目录

参考博客进行对应库的安装。ubuntu系统可直接进行安装。

sudo apt-get install libpng16-16

安装R包textshaping配置错误

报错:1:19: fatal error: hb-ft.h: 没有那个文件或目录

解决方法：安装该R包所需要的相关依赖和库，可通过查看报错信息找到必须的库进行安装。我的系统为Ubuntu系统，因此选择安装deb包进行安装。

sudo apt-get install libharfbuzz-dev libfribidi-dev

安装R包profvis配置错误

报错信息与安装R包textshaping相同，可参照安装R包textshaping时的解决方案进行修改。

后记

rwrfhydro在使用中脚本有诸多限制，可能会出现较多问题，且利用R语言进行地学制图美观性较差，绘图建议使用NCL，可视化可使用IDV或Panoply